亞硫酸氫鈉或焦亞硫酸鈉
還原劑，常用于反滲透膜前去除溶解氧、含氯殺菌劑、臭氧等氧化劑殘留，同時也可在反滲透膜正常運行期間用作沖擊消毒（連續地向原水中加入殺菌劑），膜前加入少量的亞硫酸氫鈉經脫鹽后可從濃水排除，但濃度較高時也需將出水排除。
每隔24小時加入500~1,000ppm 的亞硫酸氫鈉30 分鐘，也可防止生物膜的形成。
系統中短期停運期間，將反滲透膜元件浸泡在1%(wt)亞硫酸氫鈉的保護液中，可抑制微生物特別是需氧菌的生長，長期停運時應定期更換。
DBNPA（2,2-雙溴代-3-次氮基-丙酰胺）
常用于反滲透膜的周期性消毒。
微生物污染程度低的水源，每5天加入10~30ppm 的DBNPA處理30 分鐘到3 小時，如果水中含100CFU/ml的菌落總數或已經確認存在生物膜污染時，投加方式為連續3 小時30ppm。
水中含有還原劑時，需投加更高濃度的DBNPA。
異噻唑啉酮（isothiazolones）
為非氧化性殺菌劑，常用于反滲透膜的周期性消毒。
常用消毒劑量20-100mg/L。
系統停運期間，將反滲透膜元件浸泡在0.15%異噻唑啉酮溶液中，可長期抑菌。
DBNPA或異噻唑啉酮及其分解產物和配方中的其它成份并不能被膜完全脫除，因此不能作為預防性消毒。在投加DBNPA或異噻唑啉酮消毒劑期間，應將產水排掉。
含氯消毒劑
可作為多介質過濾器、水箱的周期性消毒；直接使用地面水時，也作為預防性消毒。
雖然有耐氯的反滲透膜元件，可承受短時間低濃度游離氯（次氯酸）的攻擊，但是膜對它的抵抗能力是有限的。在低濃度條件下其殺菌效能也很有限，因此不建議采用。
氧化劑可使離子交換樹脂氧化，也不能用于樹脂的消毒。
過氧化氫/過氧乙酸
可用于多介質過濾器、水箱的周期性消毒，特定條件下也可用于膜元件的周期性消毒，不建議用于樹脂消毒。
單使用：3%過氧化氫或 0.7%過氧乙酸溶液，循環或浸泡30min以上。與過氧乙酸合用：0.25-0.50%，循環或浸泡2~12 小時(殺菌率90%-99%)。
用于膜元件消毒時，允許高濃度為0.2%，高溫度為25℃。
甲醛
由于具有致癌傾向，已被逐漸限制使用。
僅在不得已的情況下用于離子交換樹脂的消毒，也曾用于反滲透膜的長期停用保護。
一般使用0.5%~3%的濃度消毒，也有使用0.1%~1% 的低濃度。
消毒后的清洗方法和殘留濃度應并經過驗證，限度和檢測方法可參照生活飲用水衛生標準（不得過0.9mg/L）。
清洗劑和清潔劑
用于離子交換樹脂再生、反滲透膜除垢、貯存分配系統清洗的酸堿溶液，某些表面活性劑類清潔劑也具有殺菌或抑菌作用。
用再生劑處理可能是離子交換樹脂適合的消毒措施，如按消毒間隔進行再生(不等到樹脂老化再來活化再生)，可以認為是有效的消毒手段之一。
